生物有机肥是指特定功能微生物与主要以动植物残体（包括有机垃圾、秸秆、禽畜粪便、饼粕、农副产品和食品加工产生的固体废物等）为来源，并经生物肥菌种发酵、除臭和完全腐熟后加工，使有机物料复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料，是近年来随着城乡有机固体废弃物数量的不断增加和微生物技术的发展，在有机肥商品化使用基础上研制而成的新型肥料。
生物有机肥生产所采用的有机物料主要是禽畜粪便、作物秸秆等物质，经过接种农用微生物复合菌剂，通过生化工艺技术，对有机物料进行分解，同时灭菌杀虫、清除臭味制成的肥料。其外观为棕褐色至黑色粉状物或颗粒，有效活菌数≥0.2亿/克，有机质含量≥25%，pH值5.5-8.5，有效期为6-12个月。
在生产过程中一般有两个环节设计微生物的使用：一是在腐熟过程中加入促进物料分解、腐熟兼具除臭功能的腐熟菌剂，其多由复合菌系组成，常见菌种有光合细菌、乳酸菌、酵母菌、放线菌、青霉、木霉、根霉等；二是在物料腐熟后加入的功能菌，一般以固氮菌、溶磷菌、硅酸盐细菌、乳酸菌、假单胞菌、芽孢杆菌、放线菌等为主，在产品中发挥特定的肥料效应。微生物发酵技术是制作生物有机肥的关键要点，菌剂及发酵技术要具有效率高，腐熟彻底，升温快，发酵周期短的特点，发酵过程中可完全杀灭病原菌和有害杂菌。微生物快速腐熟菌剂处理有机废弃物，在48-60小时内可以使堆体温度上升到60℃以上，维持10-20田块，可杀死有害病毒、病原菌、虫卵以及消除有机磷农药残留等。与普通有机肥料相比，生物有机肥生产的技术含量相对较高，除了在腐熟过程中加入促进有机物料腐熟、分解的生物菌剂，以实现定向腐熟、除臭等目的，且在产品中加入具有特定功能的微生物，以提升农产品的质量。
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