有机肥料培肥土壤，引起土壤能量变化。土壤有机物质能量是光合作用转化的结果，是以有机物质中化学能的形式存在的太阳能。土壤有机物质的积累是能量积累过程，有机物质的矿化则是消耗能量的过程。耕作土壤施用有机肥的数量直接影响能量在土壤中的积累。

尽管由于土壤种类不同，施肥引起土壤性质的变化有一定的差异。如显酸性的灰化土，施用有机肥料，其灰化过程减弱，酸度降低。黑土潜在肥力较高，有效肥力较低，施用有机肥料能增强土壤生物，生物化学活性，提高土壤有效肥力水平。但是，施肥导致土壤性质的变化亦有共同之处。尤其长期施用有机肥料，土壤腐殖质含量增加，品质得到改善，胡敏酸含量增高，胡敏酸与富里酸比值增大，土壤养分状况得到明显改善。同时，还会引起土壤空气状况的变化。有机物质分解产生大量二氧化碳，改变了土壤空气组分的比例，增强了土壤与大气的气体交换功能，有利予地面植物的光合作用。

土壤有机物质和加入土壤的有机肥料能够增强水分与空气之问的协调性。在干旱、半干旱地区，土壤水分是决定土壤肥力状况的主要因子。施用有机肥料有助予天然降水的：土壤积蓄作用，增强土壤的持水性和减轻土壤表层水分平行移动造成的土壤冲刷。在湿润地区，土壤空气又常是决定土壤肥力的主要因子，施用有机肥料确利于改善土壤的通气条件，防止土壤空气浊化和调节土壤空气组成。有机肥料对土壤物理状况的影响还表现在改善上壤松紧度，促进团粒结构的形成，改善土壤耕层构造和调节土壤温度等方面。