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在推广应用秸秆生物降解技术时，人们对秸秆的作用存在一定的误区，有人主张不施用鸡粪，影响了鸡粪的使用量，同时在化肥施用中，往往重氮轻磷不施或少施钾，致使氮、磷、钾比例失调，蔬菜徒长，对蔬菜的产量和品质有一定的影响。
另外，一些农民施肥不按科学办事，喜欢施用化肥，更有人喜欢与别人攀比．人家施50kg我得施上60kg甚至更多，盲目性比较大。这样就造成易溶性盐分在土壤表层积累，形成土壤盐渍化现象，致使蔬菜吸水斟难造成生理干旱，代谢紊乱，表现为种子播种后出苗慢．出苗率低；植株矮小，生长停滞，根尖及新根呈褐色．严熏时整个根系发黑腐烂．失去活力，叶片卷曲．缺绿，受害严重时茎叶粘死。长此以往，蔬菜保护地的土壤品质下降，农民则施用更多的化肥，恶性循环，造成很大的经济损失。
秸秆还田后．不能替代化肥，更不能完全替代有机肥，它的作用是长期使用作用的积累。因此，我们有必要正确认识并使用化肥和有机肥。
随着中国改革开放和经济发展，中国畜牧业得到迅速发展，在城市周边兴建了大量的规模化畜禽养殖场及斋禽专业养殖区、专业村和专业户。大量未经任何处理的畜禽粪便等同体废弃物随意堆放，不仅占用了大量的士地，而且严重污染地下水同时，在堆放中，还会产生大量的恶臭气体严重污染了大气质量。国家环保总局2002年对规模化畜禽养殖污染情况调查结果显示：中国年畜禽粪便量约为19亿t．其中，COD（化学需氧量）排放量已达7 118万t，畜禽粪便产量和COD排放量都远远超过工业废水和生活用水排放量之和，2004年畜禽粪便总量为28亿t．而2010年达到45亿t。可见，畜禽粪便如果利用hao，所产生的效益非常可观，我们必须重视畜禽粪便生产有机肥的技术。
鸡粪、猪粪是农村常见而且产量多的有机肥原料，鲜猪粪含存有机质15%、氮0.5%—0.6%、磷0.45%-0.5%、钾0.35%-0.45%。猪粪的质地较细，成分较复杂，含蛋白质、脂肪类、有机酸、纤维素、半纤维素以及无机盐。猪粪含氮素较多，碳氮比例较小(14：1)．一般容易被微生物分解．释放出可为作物吸收利用的养分。鸡粪中含有丰富的营养成分，据有关测定，鸡粪中包含：干物质89.8%，粗蛋白28.8%．粗纤维12.7%．可消化蛋白14.4%，无氮浸出物28.8%，磷2.6%．钙8.7%；组氨酸0.23%．蛋氨酸O.11%．亮氨酸0.87%．赖氨酸0.53%．苯丙氨酸0.46%．通过适当的加工利用就可以成为非常hao的绿色有机肥，或者鸡粪饲料。鸡粪作为农家肥料，比猪粪、牛粪等有更高的肥效。每吨黏湿鸡粪含有植物养分为氮11.35 kg、磷10.44kg、钾5.45 kg。
新鲜的畜禽粪便不能直接施用于作物，主要是新鲜畜禽粪便含有大量的微生物，其中有很大一部分是病原微生物、寄生虫及其虫卵等繁殖体，施人土壤后进行繁殖，带来严重的病虫害。但是我们只要利用高温hao养堆肥法对其进行发酵处理，利用发酵产生的高温把病原菌、寄生虫卵杀死，形成无公害的有机肥，在使用秸秆生物降解技术的大棚内使用效果非常hao。
有机肥所含养分种类多，称为完全肥料，但其养分含量低，有机态的养分要经过土壤微生物逐步分解，才能转化为植物可以吸收的有效态养分。因此，有机肥肥效慢，持续时间长，有后效，gong肥程度不够，尤其是在作物生长期，不能满足作物高产对养分的需求，而且体积大，不便于贮存、运输。但是有机肥具有化肥不可替代的重要作用，具有以下te性：能够改善土壤理化学性状，提高土壤肥力；能够促进土壤微生物的活动；养分全面，肥效持久；降低施肥成本；维持和促进土壤养分平衡。
无机肥料（化肥）养分含量高，速效性强，可以直接被作物吸收和利用，肥效快，gong肥强度大。化肥对于提高作物单产贡献大，但其养分种类单一或较少，如尿素只含有氮，过磷酸钙只含有磷和钙，单独施用，不能满足作物对多种养分尤其是中、微量元素的需要，而且其作用持续时间短，利用率低，如果使用不当易造成对土壤、地下水等环境及产品的污染。
科学施肥应考虑有机肥与化肥配合施用，因为有机肥的优点正是化肥的缺点，而化肥的优点正是有机肥的缺点，二者配合施用就可以取长补短，缓急相济，充分发挥各自的te点，是一项科学施肥的决策，能够实现作物高产、稳产和农业可持续发展的目标。
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