微生物菌肥和复合肥是否能混合使用，不能一概而论，需要根据微生物菌肥中添加的菌种而定，如果菌种的耐受性好，则可以同时使用，如果菌种的耐受性差，同时使用会降低菌种的存活率。此外，还要考虑复合肥的施入量，施入量大，盐分量高，也有可能影响菌种的存活。

注意事项：

(1)微生物菌肥最好在阴凉适宜的天气情况下施用。如清晨9点以前或下午16点以后，或在阴天，因为强烈的阳光紫外线会影响菌肥的效果；

(2)微生物菌肥不能与杀菌剂直接混用。喷施杀菌剂后要间隔5～7天再施用生物菌肥，以免杀菌剂影响菌种的活性；

(3)微生物菌肥最好穴施或者沟施，这样利用率才可以达到最高。