切花菊根癌病是由根癌农杆菌引起。害虫啃食的植株伤口、耕作时造成的机械伤口，插条的剪口、嫁接口，以及其他损伤等，都可以成为病菌侵入的途径。土壤湿度大有利于病菌侵染和发病，在地温22℃时最适于癌瘤的形成。碱性土促进该病的发生。
防治方法
第一，加强检疫，对出圃或外来苗木应抛弃病株。若发现可以苗木，可用500-2000毫克/升的农用链霉素液浸泡30分钟，或用1%硫酸铜液浸5分钟，用清水冲洗后栽植。
第二，应多施有机肥以提高土壤酸度，改善土壤结构。
第三，在进行中耕除草等操作时应尽量避免伤根或损伤花的茎蔓基部；嫁接时避免伤口接触土壤，嫁接工具可用75%究竟或1%甲醛溶液消毒。
第四，注意及时防治地下害虫和土壤线虫，减少植株虫伤。
第五，雨后注意排出积水，降低土壤湿度，促进花木生长，提高抗病性。
第六，及时扒开切花菊根部周围的土壤，用刮刀将肿瘤彻底切除，并用高浓度的石硫合剂或波尔多液保护伤口，以免再感染。对轻病株可用80%乙蒜素乳液300-400倍液灌根，或切除瘤体后用500-2000毫克/升的农用链霉素，或500-1000毫克/升土霉素，或5%硫酸亚铁等涂抹伤口。对无法治疗的重病株应及时清除并彻底收拾残根，集中烧毁处理。
